była to najniższa pozycja ligowa w historii klubuGary James, s. 57. Ostatecznie City zakończyło sezon na 3. miejscu w tabeli i przystąpiło do meczów barażowych o awans do Division One. W dwumeczu z 4. drużyną Wigan Athletic Manchester City zwyciężył 2:1 i awansował do finału, rozgrywanym na Wembley.
Przeciwnikiem Manchesteru City w finale był zespół Gillingham, który przed zakończeniem meczu prowadził 2:0. Bramki Kevina Horlocka w 90 minucie i Paula Dickova w doliczonym czasie gry doprowadziły do dogrywki, która nie przyniosła rozstrzygnięcia. W rzutach karnych zwyciężyło City 3:1 i powróciło do Division One, zaplecza Premier League.
Mecze ligowe w sezonie 1998/99 DataPrzeciwnikD/WStadionWynikC/PStrzelcyFrekwencjaSkład08.08.1998BlackpoolDMaine Road3:0Goater , Bradbury , Cchadadze 32 134Weaver – Edghill, Cchadadze, Wiekens, Vaughan , Mason,Pollock, Horlock, Goater, Dickov (Allsopp), Bradbury (Jim Whitley)14.08.1998FulhamWCraven Cottage0:314 284Weaver – Edghill, Cchadadze (Allsopp (Jeff Whitley)), Wiekens,Vaughan, Jim Whitley, Mason, Pollock, Horlock, Dickov , Goater22.08.1998WrexhamDMaine Road0:027 677Weaver – Nick Fenton, Wiekens, Vaughan, Jim Whitley, Mason,Pollock, Edghill, Dickov, Goater, Bradbury (Allsopp)29.08.1998Notts CountyWMeadow Lane1:1Goater 10 316Weaver – Nick Fenton, Wiekens, Vaughan , Edghill ,Mason, Pollock ,