Jak pisał Marek Gałęzowski, „Tajna  Armia Polska  była  jedną z  tych  organizacji  konspiracyjnych,  które spełniały  kryteria  pozwalające zaliczyć  ją  do wojskowych.  Taki  profil zaznaczono  w  samej jej  nazwie,  w  przyjętych  hierarchicznych,  opartych na dyscyplinie  wojskowej,  formach organizacyjnych, apolitycznym  priorytecie działalności – walce o niepodległość oraz skoncentrowaniu bieżącej działalności na rozbudowie struktur i gromadzeniu broni, a nie agitacji politycznej”Marek Gałęzowski, „Konkurencja” dla Związku Walki Zbrojnej?..., s. 52-53..

Włodarkiewicz stanął na czele pionu wojskowego Konfederacji Narodu – Konfederacji Zbrojnej, której częścią stała się TAP. Prawdopodobnie na przełomie lipca i sierpnia uczestniczył w naradzie z udziałem m.in. Komendanta Głównego ZWZ Stefana Roweckiego ps. Grot, na której zapadła decyzja o zatwierdzeniu akcji „Wachlarz”. Włodarkiewicz, współtwórca koncepcji „Wachlarza”, został mianowany jego komendantem. We wrześniu 1941 podporządkował się, wraz z większością członków Konfederacji Zbrojnej, Związkowi Walki Zbrojnej. Od jesieni 1941 poświęcił się pracy przy organizacji „Wachlarza”, do którego wciągnął część współpracowników z TAP (potem KZ). Miał już wówczas stopień podpułkownikaRozkaz L.21/BP z 11 listopada 1941. W marcu 1942 wyjechał do Lwowa na inspekcję I Odcinka.