Nagrobek po prawej stronie ołtarza poświęcony jest pamięci babki i ojca Jana Klemensa – pochowane są tu serca: marszałkowej koronnej Katarzyny Aleksandry z Czarneckich Branickiej (zm. 1698) i Stefana Mikołaja Branickiego (zm. 1709). Nagrobek (proj. Kacper Bażanka) ten zbudowany jest z czarnego marmury dębickiego (częściowo także z różowego). Nad sarkofagiem kartusz, wykonany z pozłacanej blachy miedzianej, z rodowymi herbami: Gryfem (Branickich), Lisem (Sapiehów) i Łodzią (Czarneckich) oraz koroną. Po obu stronach kartusza aniołki putta trzymające atrybuty przemijania – klepsydrę i ludzką czaszkę.
Mauzoleum to ufundowane zostało przez żonę Stefana Mikołaja, a zarazem matkę Jana Klemensa – Katarzynę Scholastykę z Sapiehów Branicką.
Drugi nagrobek znajduje się po przeciwnej stronie ołtarza (względem pierwszego nagrobka) i został ufundowany przez Izabellę z Poniatowskich. Nagrobek został wykonany w Rzymie, a następnie przywieziony do Polski. Zbudowany jest z włoskiego różnokolorowego marmuru i złoconego brązu. Pochowane w nim jest serce Jana Klemensa Branickiego (zm. 1771). Urna podtrzymywana jest przez herbowe Gryfy, a całość zamyka piramida ze złoconym medalionem z profilem Branickiego.