Po wybuchu II wojny światowej walczył w 36. Pułku Piechoty Legii Akademickiej. W okresie okupacji niemieckiej przebywał w Warszawie, gdzie grał w lokalach gastronomicznych i kawiarniach. Należał do Tajnej Orkiestry Polskiego Radia. Brał czynny udział w powstaniu warszawskim. Po powstaniu, w 1944 roku przedostał się do Krakowa i współpracował z Orkiestrą Generalnej Guberni. Stamtąd przyjechał do wyzwolonego Lublina i założył pięcioosobowy zespół, z którym grał w „Pszczółce” (radiostacji Polskiego Radia w Lublinie).
Po powrocie do Warszawy w 1945 roku utworzył pierwszą powojenną orkiestrę Polskiego Radia przemianowaną później na Orkiestrę Polskiego Radia i Telewizji. Dyrygował nią do 1980 roku. Radiowe studio M-1, w którym pracowała orkiestra, było przez długie lata miejscem radiowych debiutów polskich piosenkarzy. Stefan Rachoń dokonał z orkiestrą radiową około dziesięciu tysięcy nagrań muzyki symfonicznej, operowej, operetkowej i rozrywkowej. Wspólnie z Orkiestrą brał udział w festiwalach piosenki w Opolu, Sopocie i Zielonej Górze, towarzyszył piosenkarzom na koncertach estradowych oraz podczas nagrań fonograficznych w Polsce, a także za granicą (m.in. w Anglii, Czechosłowacji, Niemieckiej Republice Demokratycznej, Związku Radzieckim i na Węgrzech).