Podczas II wojny światowej kościół uległ zniszczeniu. Spłonęły nawy naw, uszkodzeniu uległa konstrukcja, ale szczęśliwie ocalały sklepienia nawy głównej i kaplic podwieżowych wraz z malowidłami. W latach 1947–62 podczas odbudowy wzmocniono elementy konstrukcyjne i fundamenty, malowidła przeszły zaś gruntowną konserwację w latach 1972–77. Ostatnim punktem odbudowy było odtworzenie romańskiej kolorystyki elewacji zewnętrznych oraz wewnątrz korpusu nawowego.
Architektura Kościół Maria in Lyskirchen jest trójnawową bazyliką emporową. Korpus nawowy złożony z dziewięciu przęseł (po trzy w każdej nawie) tworzy plan nieregularnego kwadratu. Wschodnią część tworzy przęsło prezbiterialne zamknięte trójboczną absydą. Flankują go dwie kaplice, stanowiące przyziemie wież. Cała część wschodnia jest podwyższona w stosunku do zachodniej, poniżej znajduje się niewielka, trójnawowa krypta. Wnętrze nakryte jest sklepieniem krzyżowo-żebrowym wspartym na masywnych czworobocznych filarach (na wysokości okien nawy głównej i empor częściowo wtopionych w ściany) flankowanych parami kolumienek z zachowanymi romańskimi kapitelami. Ściany nawy głównej podzielone są na strefy: arkad międzynawowych, arkad empor oraz okienną, przy czym dwie górne strefy są ze sobą zintegrowane za pomocą arkad, których łuki sięgają sklepień.