Pod względem fizyczno-geograficznym osiedle leży w obrębie makroregionu Pradolina Toruńsko-Eberswaldzka, w mezoregionie Kotlina Toruńska. Większa część osiedla znajduje się w mikroregionie Miasto Bydgoszcz Północne (taras dolny, ok. 52 m n.p.m.), natomiast część leżąca na południu, oddzielona Zboczem Bydgoskim należy do mikroregionu Miasto Bydgoszcz Południowe (taras górny, ok. 70 m n.p.m.)Środowisko przyrodnicze Bydgoszczy. Praca zbiorowa pod red. Józefa Banaszaka, Wydawnictwo Tanan. Bydgoszcz 1996.
Historycznie do obecnej jednostki urbanistycznej należy gmina Miedzyń włączona do miasta w 1920 r. oraz wschodni fragment gminy Prądy włączonej do Bydgoszczy w 1954 r.
Charakterystyka Osiedle Miedzyń pod względem fizjograficznym położone jest na dwóch poziomach oddzielonych Zboczem Bydgoskim o wysokości względnej ok. 18 m. Płaskowyż, na którym położona jest górna część osiedla, stromo opada ku północy, tworząc niebagatelne deniwelacje (pochylenie ulicy Widok sięga 11%). W zboczu znajdują się dwie dolinki denudacyjne odwadniane przez cieki wodne, m.in. Strugę Młyńską. Cieki te uchodzą do Kanału Bydgoskiego. Miejscami utworzone są stawy przepływowe.