Pierwszą dużą imprezą w jej karierze były mistrzostwa świata w Thunder Bay, gdzie zajęła 40. miejsce na dystansie 30 km dowolnym. W tej samej konkurencji stylem klasycznym na mistrzostwach świata w Trondheim w 1997 roku zajęła 25. pozycję. Na mistrzostwach świata startowała także w latach 2001–2005, najlepszy wynik osiągając podczas mistrzostw świata w Val di Fiemme w 2003 roku, gdzie była dziesiąta w biegu na 15 km klasykiem. Najlepszy indywidualny wynik olimpijski osiągnęła na igrzyskach w Salt Lake City w 2002 roku, zajmując 19. miejsce w biegu na 10 km stylem klasycznym. Najbliżej medalu była jednak cztery lata później podczas igrzysk olimpijskich w Turynie, gdzie wspólnie z Anną Dahlberg, Brittą Norgren i Anną Karin Strömstedt zajęła czwarte miejsce w sztafecie, przegrywając walkę o brązowy medal z Włoszkami o 1.6 sekundy.
Elin Ek startowała także w zawodach FIS Marathon Cup. W zawodach tego cyklu odnosiła większe sukcesy, 11 razy stawała na podium, przy czym czterokrotnie zwyciężała. Była między innymi najlepsza w szwedzkim maratonie Vasaloppet w 2007 roku, a w niemieckim König-Ludwig-Lauf wygrała w latach 2007 i 2008.