W Bydgoszczy Chołoniewski mieszkał przy ul. Gdańskiej 119. Powrócił do działalności dziennikarskiej poświęconej polskości kresów zachodnich. Mimo pogarszającego się stanu zdrowia opublikował wiele artykułów, nie tylko we własnym czasopiśmie Zmartwychwstanie w 1922 r., ale także w chadeckich pismach „Dzienniku Bydgoskim” i „Dzienniku Poznańskim”. Przyczynił się także do założenia w Wąbrzeźnie Polskiego Instytutu Narodowego, który miał stać się ogniskiem myśli narodowej i wydawnictw, dotyczących kresów zachodnich. W ostatnim roku życia redagował dwumiesięcznik „Biblioteka Pomorska”, poświęcony sztuce, nauce i literaturze oraz wiedzy o polskim Pomorzu. Zmarł 13 maja 1924 roku w Bydgoszczy po długiej chorobie, został pochowany na Cmentarzu Nowofarnym w Bydgoszczy. W 1987 r. jego grób zlikwidowano.
Władze Sopotu zajęły majątek Chołoniewskich przed wybuchem II wojny światowej, a w marcu 1940 r. budynki rozebrano, a teren pokryto trawą. Z majątku Chołoniewskiego zachował się do dziś tylko niewielki gmach mieszkalny przy ul. Grunwaldzkiej 11.
Dzieła