Działalność Michalskiego jako dyrektora FKN była wysoko oceniana przez środowiska naukowe, lecz bardzo ostro krytykowana przez wielu literatów, m.in. Boya-Żeleńskiego i Antoniego Słonimskiego, którzy zarzucali nadmierne uleganie inspiracjom literackiego doradcy – Artura Górskiego.
Finansową pomoc z tych źródeł uzyskali m.in. Józef Kostrzewski, Ludwik Hirszfeld, Stanisław Leśniewski, Hilary Lachs, Stefan Banach, Ludwik Wertenstein, Józef Rotblat, Konrad Górski, Władysław Konopczyński, Władysław Szafer, Witold Taszycki, Kazimierz Michałowski, Tadeusz Kotarbiński. Finansowe nagrody za prace naukowe otrzymali m.in.: Stanisław Pigoń, Artur Śliwiński, Jan Ptaśnik, Kazimierz Tymieniecki, Wojciech Świętosławski, Stanisław Zaremba, Stanisław Zakrzewski, Jan Dembowski. Stypendia były przyznawane również młodzieży szkolnej i akademickiej. Roczne nakłady wydawnictw Kasy przekraczały w latach 30. pół miliona egzemplarzy.
Stanisław Michalski dużą wagę przywiązywał do informowania społeczeństwa o stanie i potrzebach polskiej nauki – w tym celu organizował np. zjazdy naukowe. Pierwszy z nich odbył się w Warszawie 7–10 kwietnia 1920 roku.