Wziął również udział w Klubowych Mistrzostwach Świata, podczas których jego ekipa zajęła jednak dopiero siódme miejsce.
W 2008 roku Cota drugi raz z rzędu triumfował w północnoamerykańskim Pucharze Mistrzów oraz znów wystąpił na Klubowych Mistrzostwach Świata – tym razem Pachuca zajęła czwartą lokatę. W sezonie Clausura 2009 wywalczył z prowadzonym przez Mezę zespołem wicemistrzostwo kraju, a w tym samym roku zajął również drugie miejsce w rozgrywkach kwalifikacyjnych do Copa Libertadores – InterLidze. W 2010 roku trzeci raz w karierze wygrał Ligę Mistrzów CONCACAF oraz, również po raz trzeci, wziął udział w Klubowych Mistrzostwach Świata, zajmując wówczas piąte miejsce. Mimo zdobycia czterech trofeów z Pachucą jego pozycja wciąż nie ulegała zmianie – przez niemal pięć lat nie potrafił sobie wywalczyć miejsca między słupkami, będąc wyłącznie alternatywą dla doświadczonego Miguela Calero i w najlepszym razie pełniąc rolę drugiego golkipera.