ventral keel); wysokich wyrostków kolczystych na kręgach krzyżowych i przednich kręgach ogonowych (ponad trzykrotnie wyższych od trzonu kręgu); prostej dorsalnej (górnej) krawędzi proksymalnej (bliższej osi ciała) części łopatki; odgiętej wentralnie (ku dołowi) dystalnej (dalszej od osi ciała) części wyrostka zapanewkowego kości biodrowej (autapomorfia); oraz bruzdy międzykłykciowej na głowie kości udowej (ang. cranial intercondylar groove), która – inaczej niż u Secernosaurus koerneri – nie jest całkowicie zamknięta przez wyrostki sąsiadujących z nią kłykci.
Pierwotnie (jedynie w oparciu o badania okazu MPCA–Pv SM 2) sugerowano możliwą przynależność Willinakaqe do podrodziny Lambeosaurinae. Jednak z analiz kladystycznych przeprowadzonych przez Prieto–Márqueza i Salinasa (2010) oraz Prieto–Márqueza (2010) wynika przynależność tego hadrozaura do podrodziny Hadrosaurinae/Saurolophinae; według tych analiz W. salitralensis był taksonem siostrzanym do innego południowoamerykańskiego przedstawiciela tej podrodziny, Secernosaurus koerneri.
Niekompletny szkielet oznaczony MPHN-Pv 01, uznany przez autorów opisu W.