Sytuacja zmieniła się w 1999 roku, gdy skoki narciarskie po raz pierwszy weszły do programu olimpijskiego festiwalu młodzieży Europy. Rozegrano wówczas dwie konkurencje – konkurs indywidualny i konkurs drużynowy mężczyzn. Zawody w tej dyscyplinie sportu przeprowadzano także podczas dwóch kolejnych edycji – w 2001 i 2003 roku, gdy, poza obiema konkurencjami męskimi rozgrywano także konkurs indywidualny kobiet.
W 2005 i 2007 roku w ramach festiwalu nie przeprowadzono rywalizacji w skokach narciarskich.
Konkursy skoków narciarskich w ramach zimowego olimpijskiego festiwalu młodzieży Europy rozgrywane są ponownie od 2009 roku, gdy przeprowadzono konkurs indywidualny i konkurs drużynowy mężczyzn. Od 2013 roku ponownie rozgrywane są konkursy indywidualne kobiet. Podczas tych samych zawodów do programu zimowego olimpijskiego festiwalu młodzieży Europy wszedł także drużynowy konkurs mieszany, w którym wystąpią wspólnie kobiety i mężczyźni oraz konkurs drużynowy kobiet. W 2015 roku z programu zawodów wykreślono ostatnią z tych konkurencji.
W 2019 roku, ze względu na brak odpowiednich środków po stronie organizatora potrzebnych do wybudowania skoczni narciarskich, skoki narciarskie nie znalazły się w programie zawodów.