Do zaognienia relacji państwa z Tuaregami doszło w 2011 roku, kiedy po obaleniu i zabójstwie przywódcy Libii, pułkownika Mu’ammara al-Kaddafiego, do Mali powrócili tuarescy najemnicy, walczący w czasie wojny domowej po jego stronie. Napływ nowych, dobrze uzbrojonych i wyćwiczonych bojowników zmienił sytuację w regionie. W rezultacie w styczniu 2012 roku doszło do wybuchu zbrojnego powstania Tuaregów które przerodziło się w wojnę domową pod przewodnictwem Narodowego Ruchu Wyzwolenia Azawadu. Do rebelii włączył się też Arabski Ruch Azawadu.
W związku z niepowodzeniami rządu w walce z tuareskimi rebeliantami, w marcu 2012 roku doszło w kraju do zamachu stanu. Władzę w państwie w następstwie przewrotu objął Narodowy Komitet na rzecz Przywrócenia Demokracji i Państwa a Touré pozostawał od tego czasu w ukryciu. 8 kwietnia 2012 oficjalnie podał się do dymisji, a 19 kwietnia udał się na wygnanie do sąsiedniego Senegalu.
W 2013 roku Touré został oskarżony przez rząd prezydenta Ibrahima Boubacara Keïty o zdradę, z powodu niepowodzeń w walce z Tuaregami. W 2016 roku Zgromadzenie Narodowe umorzyło wszczęcie przeciwko niemu dochodzenia. W grudniu 2017 roku Touré powrócił do Mali i został ugoszczony przez prezydenta Keïtę.