W roku 2003 „Prace Filologiczne” zostały oficjalnie czasopismem Wydziału Polonistyki Uniwersytetu Warszawskiego. Wyodrębniono wówczas dwie serie – językoznawczą i literaturoznawczą. W roku 2006 redaktor naczelną „Prac Filologicznych” została prof. Halina Karaś z Zakładu Historii Języka Polskiego i Dialektologii Instytutu Języka Polskiego na Wydziale Polonistyki UW. Dotychczas ukazały się 62 tomy czasopisma.
„Prace Filologiczne” znajdują się na liście ERIH. Na stronie internetowej czasopisma znajduje się lista recenzentów oraz procedura recenzowania. Na stronie dostępne są również najnowsze numery (od LXXIV z 2019 r.).
Pełne (płatne) wersje online artykułów z lat 2006-2019 znajdują się w bazie Central and Eastern European Online Library.
Pełne (bezpłatne) wersje online tomów z lat 1885-1937 znajdują się w bibliotece cyfrowej Uniwersytetu Warszawskiego Crispa.
Redaktorzy Redaktor odpowiedzialny: Jan Baudouin de Courtenay, Jan Karłowicz, Adam Antoni Kryński, Lucjan Malinowski (t. 1–6); Adam Antoni Kryński (t.7); Adam Antoni Kryński, Mirosław Zbigniew Kryński (t. 8–9); Jan Baudouin de Courtenay et al. (t. 10–14); Witold Doroszewski et al. (t. 15–17); Halina Koneczna, Stanisław Skorupka (t. 18).