Osiągał także sukcesy na arenie krajowej – dwa wicemistrzostwa Argentyny w rozgrywkach Clausura 2006 i Clausura 2011, a także mistrzostwo (pierwsze w historii klubu) w sezonie Apertura 2007.
Latem 2011 Hoyos został graczem meksykańskiej ekipy Club Santos Laguna z siedzibą w mieście Torreón, której trenerem był jego rodak – Argentyńczyk Diego Cocca. W tamtejszej Primera División zadebiutował 23 lipca 2011 w wygranej 4:1 konfrontacji z Pachucą, natomiast pierwszą bramkę strzelił 5 listopada tego samego roku w wygranym 3:0 meczu z Atlasem. W swoim pierwszym sezonie w nowym kraju, Apertura 2011, Hoyos pełnił funkcję podstawowego gracza Santos Laguny i wywalczył z nią wicemistrzostwo Meksyku.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2000/2001 Club Atlético Lanús
Primera División 21 2 2001/2002 Club Atlético Lanús
Primera División 15 1 2002/2003 Club Atlético Lanús
Primera División 19 0 2003/2004 Club Atlético Lanús
Primera División 16 0 2004/2005 San Lorenzo de Almagro
Primera División 6 0 2005/2006 Club Atlético Lanús
Primera División 13 0 2006/2007 Club Atlético Lanús
Primera División 35 2 2007/2008 Club Atlético Lanús
Primera División 17 0 2008/2009 Club Atlético Lanús
Primera División 26 0 2009/2010