21 maja 1801 roku poślubił we Wrocławiu Karolinę WillersDie Eheschließungen in den Schlesischen Provinzialblättern, pod red. U. Kambach, Neustadt (Aisch) 1994, s. 142.. W latach 1804–1808 wchodził w skład wrocławskiej kamery wojny i domen, a następnie od 1808/1809 do 1813 roku był wiceprezydentem prowincji śląskiejK. Fuchs, Merckel, Friedrich Theodor v., [w:] „Neue Deutsche Biographie (NDB)”, t. 17, Berlin 1994, s. 122–124..
Nadprezydent Śląska Z nominacji królewskiej został powołany w 1816 roku na funkcję nadprezydenta prowincji śląskiej, którą sprawował z przerwą do 16 maja 1845 roku, kiedy to został z niej zwolniony na skutek choroby. Było to związane z przeprowadzoną na Prusach reformą administracyjną. Von Merckel zajął się organizacją nowo powstałego nadprezydium we Wrocławiu, które miało nadzorować działalność trzech rejencji (wrocławskiej, dzierżoniowskiej i legnickiej)A. i A. Galasowie, Dzieje Śląska w datach, Wrocław 2001, s. 179.. Za jego rządów miał miejsce rozwój transportu na Śląsku, spowodowany uruchomieniem żeglugi parowej na Odrze (1837) oraz budową pierwszej linii kolejowej z Oławy do Wrocławia, którą otwarto w 1842 rokuA. i A. Galasowie, op. cit., s. 184, 185..