Nowozelandzka policja aresztowała parę francuskich agentów specjalnych: 35-letniego majora Alaina Mafarta i 36-letnią kapitan Dominique Prieur. Czwórce pozostałych agentów udało się zbiec na jachcie Ouvea, który zatopiono zaraz po przerzuceniu ich na francuski okręt podwodny.
Francja początkowo zaprzeczała, że w akcji zatopienia okrętu brały udział jej służby specjalne. Jednakże pod wpływem nacisku opinii publicznej, 22 września 1985 roku premier Laurent Fabius przyznał, że to francuskie służby specjalne zleciły atak na Rainbow Warrior.
Aresztowanie francuskich funkcjonariuszy wywołało kryzys dyplomatyczny między Francją i Nową Zelandią. Francja żądała natychmiastowego uwolnienia swoich agentów, argumentując, że wraz z przyjęciem przez władze francuskie odpowiedzialności za zamach sprawa automatycznie stała się przedmiotem prawa międzynarodowego, a oficjalne przeprosiny z ich strony i wypłata odszkodowań zamykają sprawę.
Francuskie władze wykluczyły możliwość osądzenia swoich agentów przez sąd nowozelandzki, powołując się na fakt, iż działali wykonując rozkazy, przez co nie mogli ponosić odpowiedzialności karnej za popełniony czyn.