Na początku lat 90. XX wieku przeniósł się do Wrocławia zostając wykładowcą Papieskiego Fakultetu Teologicznego, gdzie uzyskał kolejno tytuły profesora nadzwyczajnego i profesora zwyczajnego w 1998 roku. Prowadził tam zajęcia z metodologii nauk i katolickiej nauki społecznejInformacje na temat prowadzonych zajęć przez prof. Niteckiego na stronie PAT we Wrocławiu [on-line] [dostęp 2011-12-16]..
Spotkał się wtedy także z propozycją przyjęcia święceń ze strony kard. Henryka Gulbinowicza, które ostatecznie przyjął 8 grudnia 1996 roku w kościele Świętego Krzyża we Wrocławiu. Rok wcześniej na stałe przeprowadził się z Warszawy do Wrocławia. Następnie objął funkcję wikariusza parafii Bożego Ciała we Wrocławiu. W 2000 roku był pierwszym proboszczem nowo utworzonej parafii świętego Stefana we Wrocławiu-Tarnogaju. Ostatnią jego placówką duszpasterską była parafia Najświętszego Imienia Jezus we Wrocławiu (uniwersytecka), która objął 15 września 2003 rokuKsiądz Piotr Nitecki zginął w wypadku samochodowym, Gazeta Wrocławska, [on-line] [dostęp 2011-12-16]..