Okupacja Po wybuchu wojny i zajęciu miasta przez Niemców jego ojciec został aresztowany, a następnie rozstrzelany. Po tym wydarzeniu jego matka przeniosła się do Zielonki pod Warszawą. W tym czasie Jerzy uczył się w szkole ojców Marianów na warszawskiej Pradze.
W willi w Zielonce, w której mieszkali, produkowano części do granatów. W 1943 w wyniku donosu zostali aresztowani i przewiezieni na al. Szucha. Staraniem babki Jerzy z siostrą zostali wypuszczeni, jednak ich matka i jej siostra zostały wysłane do obozu koncentracyjnego Auschwitz. Babka przeniosła dzieci do wsi Kleszczyny pod Suchedniowem.
Partyzantka i konspiracja Od 10 sierpnia 1943 Jerzy Bartnik służył w oddziałach AK dowodzonych przez „Ponurego”. Początkowo walczył w plutonie porucznika Jerzego Oskara Stefanowskiego ps. Habdank w I Zgrupowaniu Zgrupowań Partyzanckich AK „Ponury”. Był najmłodszym żołnierzem świętokrzyskich zgrupowań. 16 września 1943 brał udział w bitwie na Barwinku. W tym samym miesiącu został awansowany do stopnia starszego strzelca. Prawdopodobnie 12 stycznia 1944 został przez „Ponurego” odesłany do Warszawy.