Uzyskał tym samym pozwolenie na prowadzenie drużyn w meczach II ligiTomasz Hajto otrzymał warunkową licencję na prowadzenie Jagiellonii Białystok.Tomasz Hajto zdał egzamin kursu UEFA A..
Kolejne posiedzenie Komisji ds. Kształcenia i Licencjonowania Trenerów Piłki Nożnej w sprawie Hajty odbyło się 10 lutego 2012Hajto na razie nie może być trenerem Jagiellonii Białystok.. Komisja warunkowo przyznała Tomaszowi Hajcie licencję PZPN PRO, która upoważniała go do prowadzenia drużyn z najwyższych klas rozgrywkowych w Polsce. W związku z tym od 10 lutego 2012 do 30 czerwca 2013 roku Hajto oficjalnie sprawował funkcję pierwszego trenera Jagiellonii Białystok.Tomasz Hajto może prowadzić Jagiellonię..
Po niezbyt udanym sezonie 2012/13, gdzie Jagiellonia zajęła 10. miejsce w tabeli T-Mobile Ekstraklasy, klub zdecydował o nie przedłużaniu ze szkoleniowcem wygasającego kontraktu.
GKS Tychy Od 2014 do 2015 był trenerem pierwszoligowego GKS Tychy, z którego po spadku do II ligi został zwolniony.
Kariera komentatorska Po zakończeniu kariery często występuje w roli eksperta, komentatora i reportera Polsatu, Polsatu Sport i Polsatu Sport Extra. Był także komentatorem meczów Bundesligi w Eurosporcie 2.