Po stronie południowej znajduje się dolina Cedronu, za którą wznosi się Wzgórze Świątynne (743 m n.p.m.).
Góra Skopus w większości zbudowana jest z miękkich osadów morskich. Jest to kreda i wapień z okresu geologicznego późnej kredy. Taka budowa geologiczna sprzyjała powstawaniu naturalnych jaskiń. Między Górą Skopus a Wzgórzem Francuskim przebiega dział wód rozgraniczający zlewnię Morza Martwego od Morza Śródziemnego. W zlewni śródziemnomorskiej znajduje się strumień Zofim, a do Morza Martwego spływa strumień Og. Na południowo-zachodnich zboczach góry rozciąga się niewielki Park Narodowy Doliny Zurim. Utworzony w 2000 roku, chroni historyczny krajobraz centrum Jerozolimy oraz zachowuje oryginalną enklawę doliny Cedronu i Góry Oliwnej. Zajmuje powierzchnię 170 hektarów. W 2012 roku utworzono Park Narodowy zboczy Góry Skopus, który zajmuje powierzchnię 740 hektarów.