Okres działalności Amnestia z 1889 umożliwiła mu powrót do Francji. Zaangażował się w środowisku anarchistycznym, wydając pismo Endehors. Do 1893 wyszło 91 numerów. Z pismem współpracowali znani anarchiści, w tym Sébastien Faure. Ostatecznie po wielu rewizjach i procesach, d’Axa wraz ze współpracownikami został skazany na karę więzienia. Uwięziony rozpoczął działalność pomocy współwięźniom oraz rodzinom skazanych.
Po zwolnieniu wzmógł swoje działania publiczne. Po ataku prasowym na Jules’a Méry’ego zagrożony ponownym aresztowaniem zbiegł do Londynu. Tam spotkał się z Émile’em Pougetem i artystami (James Whistler i inni). Przyłączył się do grupy wędrownych muzykantów, z którymi podróżował po Holandii i Niemczech.
Przeniósł się do Mediolanu, gdzie wplątał się w proces przeciwko anarchistom. W środku nocy został aresztowany i z innymi anarchistami wydalony na pokładzie statku z Italii. Zorganizował bunt, opanował statek i skierował go do Grecji. Tam zwiedził Ateny i udał się do Konstantynopola. W styczniu 1893 skierował się do Jafy. Tam został znowu zatrzymany, ale uciekł do brytyjskiego konsulatu. Został jednak wsadzony na statek i przekazany władzom francuskim w Marsylii. Znalazł się ponownie w więzieniu.