Wiele lat później kłopoty finansowe Jana Ernesta się skończyły, gdyż w wyniku bezpotomnej śmierci Alberta V, księcia Saksonii-Coburga, w 1699 roku, Henryka, księcia Saksonii-Römhild, w 1710 roku i Chrystiana, księcia Saksonii-Eisenbergu, w 1707 roku – Jan Ernest przejął po nich schedę.
Małżeństwa i potomstwo W Mersenburgu w dniu 18 lutego 1680 roku ożenił się z Zofią Jadwigą z Saksonii-Merseburga. Mieli pięcioro dzieci:
Krystyna Zofia (ur. 14 czerwca 1681 w Saalfeld – zm. 3 czerwca 1697 w Saalfeld). bezimienna córka (urodzona i zmarła 6 maja 1682 roku w Saalfeld). Chrystian Ernest, książę Saksonii-Coburga-Saalfeld (ur. 18 sierpnia 1683 w Saalfeld – zm. 4 września 1745 w Saalfeld). Szarlotta Wilhelmina (ur. 4 maja 1685 w Saalfeld – zm. 5 kwietnia 1767 w Hanau), żona Filipa Ryszarda Hanau-Lichtenberg. martwo urodzony syn (Saalfeld, 2 August 1686).
W Maastricht dnia 2 grudnia 1690 roku Jan Ernest ożenił się po raz drugi z Charlottą Joanną Waldeck-Pyrmont (ur. 13 grudnia 1664 w Arolsen – zm. 1 lutego 1699 w Hildburghausen,). Mieli ośmioro dzieci: