28 maja 1918 roku został ponownie ranny w głowę, do czynnej służby powrócił 21 lipca, a już 25 lipca odniósł swoje 15 zwycięstwo powietrzne, w okolicach Loos zestrzelił S.E.5a.
28 września 1918 roku Harald Auffarth został mianowany dowódcą Jagdgruppe 3Jednostka złożona z Jagdstaffel 14, Jagdstaffel 26, Jagdstaffel 29 oraz Jagdstaffel 56.. 14 października 1918 roku odniósł potrójne zwycięstwo powietrzne, podobnie 30 października zestrzelił 3 samoloty wroga.
Do końca I wojny światowej odniósł łącznie ponad 30 zwycięstw powietrznych, z których 29 zostało oficjalnie potwierdzonych oraz zaliczonych Auffarthowi. Po odniesieniu 20 zwycięstw był nominowany do Pour le Mérite, niestety w momencie przesłania przez dowództwo lotnictwa do sztabu armii wniosku o jego odznaczenie zmienione zostały warunki przyznawania PM. Był odznaczony Srebrną Odznaką za Rany.
W okresie międzywojennym (1924–1929) prowadził Fliegerschule Auffarth w Münster, była to jedna z kilku nieoficjalnych szkół lotnictwa niemieckiego zabronionych traktatem wersalskim.