W 1971 został zarejestrowany jako tajny współpracownik o pseudonimie Włodzimierz. Jego współpraca miała w założeniach SB polegać na infiltrowaniu Kościoła i „środowisk nacjonalistycznych” w jego obrębie oraz za granicą, jak również na działaniu przeciwko Kościołowi rzymskokatolickiemu. „Włodzimierza” uważano za jednego z najcenniejszych tajnych współpracowników spośród prawosławnego duchowieństwa.
Jako zwierzchnik PAKP Bazyli (Doroszkiewicz) przyczynił się do reaktywacji monasteru Zwiastowania w Supraślu oraz założenia klasztorów w Wojnowie, Białymstoku–Dojlidach i Ujkowicach oraz do wzniesienia ponad 100 cerkwi i kaplic na terenie całego kraju. Ponadto w czasie sprawowania przez niego urzędu metropolity warszawskiego i całej Polski zostały erygowane dwie nowe diecezje: przemysko-nowosądecka (po wieloletnich staraniach metropolity powstała ostatecznie w 1983) i lubelsko-chełmska (w 1989). W 1994 swoją działalność rozpoczął funkcjonujący na prawach diecezji Prawosławny Ordynariat Wojska Polskiego. Metropolita Bazyli przyjął również w jurysdykcję PAKP autonomiczny Portugalski Kościół Prawosławny oraz dwie parafie na terytorium Włoch.
W 1994 przeprowadził kanonizację ks. Maksyma Sandowycza (znanego odtąd jako św.