PRIDE FC W 2004 roku związał się z czołową japońską organizacją MMA – Pride Fighting Championships. Zadebiutował w niej 23 maja 2004 roku na gali PRIDE – Bushido 3, gdy pokonał Brazylijczyka Jorge Patino przez jednogłośną decyzję sędziowską. Drugi pojedynek stoczył 17 lipca 2005 roku na PRIDE – Bushido 8, a jego rywalem był pochodzący z Brazylii Daniel Acacio. Po dwóch rundach sędziowie jednomyślnie orzekli zwycięstwo Brazylijczyka. Swoją trzecią walkę w PRIDE stoczył 2 kwietnia 2006 roku na PRIDE Bushido 10 przeciwko zapaśnikowi, zwycięzcy turnieju UFC 17 oraz Rings King of Kings 1999 – Danowi Hendersonowi. Po dwóch rundach, w których wyraźną przewagę osiągnął Henderson sędziowie orzekli jednogłośnie jego zwycięstwo. Jeszcze w tym samym roku Misaki wystartował w turnieju PRIDE 2006 Grand Prix w wadze półśredniej. W rundzie otwierającej turniej na gali PRIDE Bushido 11 pokonał Amerykanina Phila Baroniego przez jednogłośną decyzję sędziowską. W ćwierćfinale na PRIDE Bushido 12 stanął ponownie naprzeciw Dana Hendersona, z którym jeszcze w tym samym roku przegrał. Tym razem Japończyk był górą i po dwóch rundach pokonał Amerykanina na punkty. W półfinale na gali PRIDE Bushido 13 Misaki spotkał się z ekspertem bjj, Paulo Filho.