Dzisiejsze suche wąwozy Jury Frankońskiej są pozostałością ówczesnego koryta rzeki, które wtedy było znacznie większe niż współczesne. Później zmienił się przepływ wód alpejskich, które po dziś dzień płyną Renem.
Do dziś duże ilości wód Dunaju spływają przez porowate skały wapienne Jury Szwabskiej do głębiej położonego Renu. Ponieważ z procesem tym wiąże się rozpuszczanie przez wodę rzeki skał wapiennych, prawdopodobnie w przyszłości wszystkie wody współczesnego górnego Dunaju będą uchodziły do Renu.
thumb|left|Koryto rzeki w miejscu, w którym Dunaj wsiąka w skały (tzw. Donauversickerung) Pomiędzy miejscowościami Immendingen i Möhringen bieg rzeki zostaje przerwany. Duża część wody Dunaju wsiąka w grunt i przedostaje się pod ziemią jaskiniami krasowymi do tzw. Aachtopf, oddalonego o 14 km największego w Niemczech wywierzyska. Z tego miejsca woda biegiem rzeki Radolfzeller Aach płynie do Jeziora Bodeńskiego i do Renu. Przy niskim stanie wody czasowo może dojść nawet do kompletnego wsiąknięcia wody – wtedy Dunaj jest zasilany jedynie przez rzeczki w Möhringen oraz Elta. Ponieważ wysychanie rzeki nasiliło się w przeciągu ostatnich dziesięcioleci, część wody Dunaju jest transportowana przez sztolnię obok miejsca wsiąkania.