W 522 albo 523 roku senator Albinus został oskarżony przez sekretarza królewskiego Cypriana o zdradę i spiskowanie z cesarzem bizantyńskim Justynem I. Gdy Boecjusz wstawił się za senatorem, będąc przekonany o jego niewinności) również został oskarżony o zdradę stanu, pozbawiony tytułu i aresztowany. Teodoryk pozbawił go możliwości do obrony, a także dołożył zarzut bezbożności. Boecjusz został skazany na śmierć, pozbawiony majątku i wtrącony do więzienia w Pawii, gdzie miał oczekiwać na egzekucję. Wkrótce potem taki sam los spotkał jego teścia Symmacha. Wyrok został wykonany około 525 roku. Możliwe jest, że został poprzedzony torturami. Po śmierci Boecjusza, król postanowił ukryć jego ciało, aby nie zostało otoczone kultem po śmierci. Gdy po śmierci Teodoryka, władzę regencyjną przejęła Amalasunta, postanowiła zwrócić wdowie po Sewerynie – Rustycjanie i jej synom skonfiskowany majątek.
Dzieła thumb|Dialectica, 1547 Kasjodor mówił, że dzięki tłumaczeniom Boecjusza zostały udostępnione łacinnikom: muzyczne teksty Pitagorasa, astronomiczne rozważania Ptolemeusza matematyka Nikomacha z Gerazy, geometria Euklidesa, teologia Platona, logika Arystotelesa mechanika Archimedesa.