W międzyczasie kontynuował pozapolityczną działalność zawodową. W 2017 doktoryzował się w zakresie nauk rolniczych w Instytucie Zootechniki – Państwowym Instytucie Badawczym na podstawie pracy pt. Wpływ postaci fizycznej ziarna owsa na efekty produkcyjne, strawność i jakość tuszek gęsi białych kołudzkich. Był długoletnim dyrektorem zakładu doświadczalnego w Kołudzie Wielkiej w ramach Instytutu Zootechniki, pełnił tę funkcję do 2020.
W sierpniu 2019 ogłosił swoją rezygnację z kandydowania w kolejnych wyborach parlamentarnych i zakończenie aktywnej działalności politycznej. W listopadzie 2020 zarejestrował się jako kandydat na wójta gminy Warlubie w przedterminowych wyborach rozpisanych na grudzień tego samego roku (następnie przekładanych z uwagi na pandemię COVID-19). Wybory odbyły się ostatecznie 13 czerwca 2021 – Eugeniusz Kłopotek został wybrany na wójta w pierwszej turze głosowania. Urząd wójta objął 22 czerwca 2021. Nie ubiegał się o ponowny wybór w 2024;