Po zajęciu Krakowa przez Austrię w 1796 roku, były klasztor Duchaków zamieniono na c.k. urząd menniczy, a w szpitalu św. Ducha umieszczono w 1810 roku lazaret wojskowy. W roku 1821 Senat Rządzący Wolnego Miasta Krakowa przeniósł do dawnego gmachu duchackiego szpital dla chorych wenerycznie i umysłowo. Po przeprowadzeniu w 1879 tego szpitala do nowych budynków, zabudowania poduchackie zajęto na areszt oraz składy miejskie i składy prywatne.
Z kompleksem zabudowań duchackich związana była szkoła św. Ducha. Najstarsza wzmianka o niej pochodzi z 1424 roku. Szkoła ta należała do szpitala i była utrzymywana przez duchaków. Uczęszczali tam chłopcy ze szpitala i uczniowie z parafii św. Ducha. Około 1739 budynek szkoły popadł w ruinę, ale został odbudowany w 1757. Piętrowy gmach szkoły znajdował się na końcu skrzydła północno-zachodniego zabudowań duchackich i wcinał się w ul. Szpitalną. Obiekt dotrwał do czasów Wolnego Miasta Krakowa, a następnie został zburzony w celu rozszerzenia ul. SzpitalnejMarek Żukow-Karczewski, Nie istniejące budowle Krakowa. Szpital i klasztor św. Ducha, „Echo Krakowa”, 11,12,13 X 1991 r., nr 198 (13510)..