Według kolejnych rejestrów cała włość łabuńska pozostała własnością Stanisława Firleja, później kasztelana lubelskiego, co najmniej do 1667.
Wiek XVIII Podczas wojny północnej w 1704 r. przez kilka dni obozował we wsi król szwedzki Karol XII.
Wiek XIX W XIX wieku Feliks Tarnowski (1790–1851), właściciel sąsiednich dóbr krasnobrodzkich, zbudował w Łabuniach browar, gorzelnię i młyn do mielenia słodu.
Wiek XX W 1902 roku dobra Łabuńskie od Jana Stanisława Tarnowskiego zakupił Aleksander Szeptycki. W 1922 roku podarował pałac wraz z parkiem i kilku hektarowym gospodarstwem siostrom Franciszkankom Misjonarkom MaryiJózef Niedźwiedź: Zespół kościelny w Łabuniach, w świetle źródeł historycznych i nadzorów archeologicznych. W: Kościoły, cerkwie i klasztory Lubelszczyzny w świetle badań archeologicznych. Ewa Banasiewicz-Szykuła (red.). Lubelski Wojewódzki Konserwator Zabytków, Lublin 2013, s. 161. ..
W latach 1940–1945 Niemcy zbudowali na terenach majątku Szeptyckich lotnisko wojskowe. Używane było w okresie początkowych walk po ataku na ZSRR i w czasie odwrotu w 1944.