Wiek XIX Dobra Nielisz B scalił na początku XIX w. Józef Rudnicki. W 1800 r. część dóbr kupił od Kajetany Szczuckiej, w 1801 r. od Tekli ze Szczuckich Romańskiej, a w 1803 r. część od Jana Dąbrowskiego i od Ludwiki Makulskiej. W 1830 r. dobra Nielisz B kupił od Józefa Rudnickiego Walenty Rudnicki i trzy lata później sprzedał je Andrzejowi Zamoyskiemu, który kupił je dla swego ojca Stanisława.
W 1807 r. dobra Nielisz C od Jakuba Krywkowskiego kupili Marian i Marianna Krywkowscy, po których dwa lata później przejął syn Jan Krywkowski. W 1803 r. w części ordynackiej wsi był dwór, piwnica murowana, ogród z nowo wystawionym dworkiem, kuchnia, folwark, spichlerz, gumno, karczma, browar i pasieka. W 1823 r. Ordynacja Zamojska otrzymała na własność od Rządu Królestwa Polskiego m.in. część wsi Nielisz w zamian za oddanie miasta Zamościa. Wówczas Nielisz D należał do Marcina i Tekli z Radeckich Dąbskich.
Spis z 1827 r. notował wieś w powiecie zamojskim i parafii Nielisz. Liczyła wówczas 71 domów i 446 mieszkańców. W 1869 r. Nielisz został siedzibą gminy. Początkowo zapewne urząd mieścił się w drewnianym budynku, ale w 1905 r. wybudowano we wsi murowany budynek urzędu gminy.