Pod ich zwierzchnictwem znalazły się diecezje Porto, Coimbra, Lamego-Viseu oraz inne diecezje leżące na terenie współczesnej Hiszpanii, których terytoria były odzyskiwane w wyniku rekonkwisty.
Na tym tle zrodził się spór o pierwszeństwo i zakres jurysdykcji pomiędzy arcybiskupami Bragi a arcybiskupami Toledo. Kontrowersje dotyczyły m.in. tytułu prymasa Hiszpanii (Primado de España), do którego prawa rościły sobie obie metropolie, a także Archidiecezja Tarragony (Primado de las Españas). Ogłoszenie suwerenności Portugalii przez Henryka Burgundzkiego jeszcze zaogniło ten spór. Obecnie arcybiskupi Bragi raczej nie posługują się już tytułem Primaz das Espanhas (prymas Hiszpanii), lecz używają tytułu honorowego "arcybiskup prymas Bragi" (Arcebispo Primaz de Braga).
Arcybiskupi Bragi przez długi czas zachowali honorowe pierwszeństwo w portugalskim episkopacie, dopiero nadanie biskupom Lizbony tytułu patriarchów (1716) wyniosło tych ostatnich do pierwszeństwa wśród biskupów kraju.
23 marca 1545 przez wyłączenie z terytorium archidiecezji Braga utworzono diecezję Miranda do Douro. 20 kwietnia 1922 część archidiecezji weszła w skład nowo utworzonej diecezji Vila Real.