Klasztor przeżywał swoje największe lata rozkwitu za panowania Aleksego III Komnena i Michała Wielkiego Komnena (1284–1349).

Monaster funkcjonował w okresie Imperium Osmańskiego, był rozbudowywany i na przestrzeni wieków zgromadził znaczny majątek. Kolejni sułtanowie akceptowali przywileje klasztoru uzyskane w okresie bizantyjskim (podobnie jak w przypadku monasterów góry Athos oraz monasteru Świętej Katarzyny na Synaju) i W XVIII w. z inicjatywy arcybiskupa Ignacego w klasztorze wykonano nową dekorację malarską. W XIX stuleciu monaster, jako najważniejszy ośrodek życia religijnego Greków Anatolii, został przebudowany i otrzymywał od wiernych wiele cennych darów. Klasztor był również odwiedzany przez wielu podróżników z zagranicy, którzy pozostawili jego szczegółowe opisy.

Głównym przedmiotem kultu w klasztorze była ikona Matki Bożej, uważana za cudotwórczą. Według legendy wizerunek ten był dziełem św. Łukasza i po jego śmierci trafił do Aten, zaś w IV wieku został cudownie przeniesiony przez anioły na wskazane przez Matkę Bożą miejsce. Tam ikonę odnaleźli pustelnicy Sofroniusz i Barnaba, którzy następnie założyli męski monaster. Najprawdopodobniej ciemna barwa twarzy Matki Bożej mogła stać się przyczyną, dla której wzgórze, gdzie wznosi się monaster, nazwano Czarną Górą.