Katedra została poważnie uszkodzona podczas wielkiego pożaru Turku w 1827, i została odbudowana potem w dużym stopniu.
Historia Ponieważ miasto Turku zaczęło od XIII wieku pełnić rolę najważniejszego ośrodka handlu w Finlandii, siedziba biskupa Diecezji Finlandii została przeniesiona z jego poprzedniej lokalizacji w Koroinen, przy rzece Aura, niedaleko centrum miasta. Przed końcem XIII wieku nowy kamienny kościół został ukończony na miejscu dawnego drewnianego kościoła parafialnego na Unikankare Mound i został konsekrowany w 1300 jako kościół katedralny Najświętszej Maryi Panny i Świętego Henryka, pierwszego biskupa Finlandii.
Najwcześniejsza katedra była mniejsza niż obecny budynek. Jej wschodnia fasada była w miejscu, gdzie teraz stoi ambona, a jej dach był znacznie niższy niż obecnie. Katedra została rozbudowana w średniowieczu. W XIV wieku został dodany nowy chór, którego ośmiokątne gotyckie filary obecnie tworzą prezbiterium. W średniowieczu ołtarz główny mieścił się naprzeciwko filarów nawy głównej położonych najdalej na wschód, aż do czasu gdy został przeniesiony na swoje obecne miejsce w apsydzie, w której poprzednio była kaplica Wszystkich Świętych, w połowie XVII wieku.