FC Heidenheim Heidenheim an der Brenz 1. miejsce RL Süd Borussia Dortmund II Dortmund 1. miejsce RL West Holstein Kiel Kilonia 1. miejsce RL Nord * Kickers Emden (6. miejsce) nie otrzymał licencji na grę w 3. Lidze i w sezonie 2009/10 będzie występował w Oberlidze Niedersachsen-West (piąty poziom rozgrywek), dzięki czemu SV Wacker Burghausen utrzymał się w 3. Lidze.
Tabela Poz.KlubMPkt.MeczeBramkizwy.rem.por.zdob.stra.1VfL Osnabrück 38 69 20 9 9 55 372FC Erzgebirge Aue 38 68 20 8 10 57 413FC Ingolstadt 04 38 64 18 10 10 72 464Eintracht Brunszwik 38 62 17 11 10 55 375FC Carl Zeiss Jena 38 60 16 12 10 54 4461. FC Heidenheim 38 59 17 8 13 66 567Kickers Offenbach 38 57 15 12 11 55 358Bayern Monachium II 38 54 15 9 14 55 659Rot-Weiss Erfurt 38 53 14 11 13 41 4110VfB Stuttgart II 38 52 16 4 18 53 5011SpVgg Unterhaching 38 50 13 11 14 52 5212Dynamo Dresden 38 50 14 8 16 39 4613Werder Brema II 38 47 13 8 17 49 5414SV Sandhausen 38 47 11 14 13 54 6315SV Wehen Wiesbaden 38 47 13 8 17 52 6416SSV Jahn Regensburg 38 46 11 13 14 43 4817SV Wacker Burghausen 38 46 13 7 18 45 6418Borussia Dortmund II38 39 11 6 21 43 5819Holstein Kiel 38 38 9 11 18 43 6120Wuppertaler SV Borussia 38 38 10 8 20 40 61Legenda:awans do 2. Bundesligibaraże o awans do 2. Bundesligispadek do Regionalligi źródło: VfL Osnabrück i FC Erzgebirge Aue awansowały do 2.