adwokaci: Władysław Dziewałtowski-Gintowt i Tadeusz Fabiani), wojskowych, intelektualistów i artystów (m.in. Jan i Alicja Bełcikowscy, Jadwiga Fuks, Stanisław Beer) oraz sportowców (m.in. Janusz Kusociński, Tomasz Stankiewicz i Feliks Żuber).
Faza trzecia trwała mniej więcej od września 1940 do września 1942. W porównaniu z poprzednimi miesiącami liczba egzekucji wyraźnie wówczas spadła. W tym okresie miały natomiast miejsce liczne transporty z Pawiaka i innych warszawskich więzień do obozów koncentracyjnych. Nie oznacza to jednak, że Niemcy całkowicie zrezygnowali z bezpośredniej likwidacji polskich więźniów politycznych. Do lipca 1941 kontynuowana była akcja eksterminacyjna w Palmirach. Gdy dokonywane tam zbrodnie przestały stanowić jakąkolwiek tajemnicę dla polskiej ludności, Gestapo zaczęło poszukiwać nowych lokalizacji w podwarszawskich lasach, które mogłyby posłużyć jako miejsca tajnych egzekucji. Więźniów Pawiaka oraz pozostałych warszawskich więzień rozstrzeliwano odtąd w Lesie Sękocińskim k. Magdalenki (wielka egzekucja w maju 1942), Lesie Kabackim (kilka egzekucji w latach 1941–42), a także w okolicach Lasek na obrzeżach Kampinosu (1942).