USAF nigdy nie powróciły do Clark, zniszczenia były na tyle poważne, że zrezygnowano z odbudowy. Równolegle władze Filipin nie porozumiały się z USA ws. przedłużenie dzierżawy Clark i bazy morskiej w zatoce Subic, kończać prawie 100 letnią obecność wojskową. W listopadzie 1991 bazę Clark przekazano Filipinom. Obecnie znajduje się tam Port lotniczy Diosdado Macapagal, w bazie stacjonuje 410th Maintenance Wing PAF. Filipińskie UH-1H i F-5A/B wystąpiły w filmie Czas apokalipsy Coppoli z 1979, w kultowej scenie ataku na wioskę i zrzutu napalmu. W 2001 roku utracono jeden F-5 w trakcie ćwiczeń, a pilot zginął. W 2004 roku odbyła się inspekcja maszyn, która zbadała czy pozostała maszyny można przywrócić do lotu. Opinia ekspertów mimo iż pozytywna, nie ocaliła płatowców z którymi pożegnano się 1 października 2005 roku.
Pod koniec 2010 roku liczyły 7000 osób personelu i teoretycznie posiadał 393 statki powietrzne, z czego tylko 91 (34 samoloty i 57 śmigłowce) było zdolnych do lotu, 81 było częściowo sprawnych, a 221 nie nadawało się do lotu i powinny być wycofaneOnly a fourth of PAF aircraft can fly;