Those of the Unlight, który trafił do sprzedaży w październiku 1993 roku nakładem francuskiej oficyny Osmose Productions.
Także w 1993 roku skład uzupełnił kolega Svenssona z zespołu Allegiance – perkusista Fredrik Andersson, który przejął stanowisko Joakima Av Grava nadal pełniącego funkcję wokalisty w grupie. W 1994 roku z zespołu odszedł Magnus „Devo” Andersson i ponownie jako kwartet muzycy zarejestrowali trzeci album długogrający. Wydawnictwo zatytułowane Opus Nocturne ukazało się w grudniu tego samego roku. W 1995 roku z grupy odszedł Joakim Av Grav, którego zastąpił Erik „Legion” Hagstedt. Do składu zespołu został zaangażowany ponadto drugi gitarzysta Kim Osara, którego członkiem pozostał do następnego roku. Czwarty album Marduk pt.Heaven Shall Burn... When We Are Gathered ukazał się czerwcu 1996 roku. W 1997 roku na potrzeby trasy koncertowej muzycy zatrudnili Petera Tägtgrena, członka Hypocrisy, by w latach późniejszych ostatecznie porzucić zamysł dwóch gitarzystów w składzie. 4 sierpnia 1998 roku odbyła się premiera piątej długogrającej płyty zespołu pt. Nightwing. W czerwcu 1999 roku do sprzedaży trafił szósty album formacji zatytułowany Panzer Division Marduk. Odwołujący się w swej treści do II wojny światowej materiał przysporzył zespołowi krytyki i oskarżeń o pochwałę zbrodni nazistowskich.