Okres arabski (641–1250) Arabski podbój Egiptu poparli nie tylko Koptowie i inni miejscowi chrześcijanie, ale również egipscy Żydzi. Powodem było rozczarowanie skorumpowaną administracją patriarchy Cyrusa z Aleksandrii, który próbował również wprowadzać monoteletyzm. Do Egiptu zapewne przybyła pewna liczba Żydów z Półwyspu Arabskiego: według żyjącego w IX w. perskiego historyka al-Baladhuriego list Mahometa do żydowskiego plemienia Banu Janba z 630 n.e. był widziany w Egipcie. Kopia tego listu, zapisana alfabetem hebrajskim, została odnaleziona w Genizie kairskiej.
Ze względu na pogromy Żydów w Jerozolimie i przymusowe konwersje, które miały miejsce po zdobyciu tego miasta w 629 przez cesarza bizantyjskiego Herakliusza, kilkadziesiąt tysięcy Żydów schroniło się w Egipcie. Amr Ibn al-As, dowódca wojsk arabskich, które dokonały podboju Egiptu z rąk Bizancjum, opisywał kalifowi w liście, że zastał w Aleksandrii 40 000 Żydów. W Traktacie aleksandryjskim z 641, który przypieczętowywał ten podbój, zezwolono Żydom na pozostanie w tym mieście.
Niewiele wiadomo na temat losów Żydów w Egipcie za panowania dynastii Umajjadów oraz Abbasydów (641-868).