Czasami protonauka głosi hipotezy, które stoją w sprzeczności z dotychczas przyjętymi teoriami naukowymi, lecz nie domaga się ich uznania bez dowodu eksperymentalnego, a wręcz przeciwnie – koncentruje się na poszukiwaniu tego rodzaju dowodów i sama siebie traktuje według zasad sceptycyzmu naukowego.
Pseudonauka domaga się od środowiska naukowego uznania swoich teorii, całkowicie odrzucając wszelkie próby ich naukowego zweryfikowania, a gdy tego rodzaju weryfikacja przebiegnie negatywnie, zarzuca błędy metodologicznie lub stawia takie warunki eksperymentowi, że staje się on niewykonalny. Pseudonauka nie reaguje zazwyczaj na apele poddania się weryfikacji naukowej, np. przez przejście procesu recenzowania i dyskusji swoich wyników w czasopismach naukowych.
Rozróżnienie pseudonauki, paranauki i protonauki od nauki jest dla laika trudne. Zdarza się, że w ramach dyskusji publicznej zwolennicy różnych teorii obrzucają się nawzajem oskarżeniami o „pseudonaukowość”, zaś osoby postronne, bez dobrego przygotowania naukowego, nie są w stanie rozsądzić, kto ma rację.