FC Saarbrücken 38 46 17 12 9 53 434SC Fortuna Köln 38 45 20 5 13 80 575SC Freiburg 38 42 17 8 13 66 526SG Wattenscheid 09 38 42 17 8 13 68 587Alemannia Aachen 38 41 17 7 14 58 558Blau-Weiss 90 Berlin 38 41 15 11 12 56 549Eintracht Brunszwik 38 38 12 14 12 43 4310SV Meppen 38 37 12 13 13 55 5411SV Darmstadt 98 38 37 16 5 17 56 5712FC Schalke 04 38 36 13 10 15 58 5113Hertha BSC 38 36 11 14 13 45 4414VfL Osnabrück 38 36 13 10 15 58 6615Kickers Offenbach * 38 35 14 7 17 51 5316Rot-Weiss Essen 38 35 13 9 16 54 6017SpVgg Bayreuth 38 34 12 10 16 52 6018Viktoria Aschaffenburg 38 34 12 10 16 47 60191. FSV Mainz 05 38 29 8 13 17 44 7620Union Solingen 38 20 6 8 24 24 77Legenda:awans do Bundesligibaraże o awans do Bundesligispadek do Oberligi
Fortuna Düsseldorf i FC Homburg awansowały do Bundesligi 1989/90. 1. FC Saarbrücken przegrał swoje mecze barażowe i pozostał w 2. Bundeslidze 1989/90. Union Solingen, 1. FSV Mainz 05, Viktoria Aschaffenburg i Kickers Offenbach spadły do Amateur-Oberligi 1989/90. * Kickers Offenbach nie otrzymał licencji na grę w 2. Bundeslidze 1989/90, dzięki czemu SpVgg Bayreuth utrzymał się w 2. Bundeslidze.
Baraż o awans do Bundesligi Drużyna 1. Drużyna 2. Wynik 1. mecz Eintracht Frankfurt 1. FC Saarbrücken 2:0 Rewanż 1.