Ani książę Karol, ani rada nie zaakceptowali nowej sytuacji i we wrześniu 1594 osiągnięto wspólne porozumienie, zgodnie z którym Karol Sudermański stanął na czele rady oraz pełnił obowiązki regenta państwa szwedzkiego podczas nieobecności królaMaciej Serwański, Józef Dobosz, Słownik władców Europy nowożytnej i najnowszej Poznań 1998, s.241.. Następnie zażądał od Zygmunta III Wazy pełnomocnictw na takie rozwiązanie i zagroził zwołaniem nowego riksdagu w przypadku odmowy. Król odrzucił żądania i zabronił zwoływania stanów. Książę Karol nadal jednak kontynuował rządy państwem jako regent, odsuwając i ignorując pozostawionych przez Zygmunta namiestników. Jedynie Klas Fleming, namiestnik Finlandii, odmówił podporządkowania się Karolowi i radzie.

9 (19) grudnia 1594 na zamku sztokholmskim księciu Karolowi i jego drugiej żonie, Krystynie von Holstein-Gottorp urodził się syn, który miał w przyszłości zasiąść na szwedzkim tronie jako Gustaw II Adolf. Jednak w momencie jego narodzin niewiele przemawiało za tym, że tak się stanie. Interesujące jest też to, że Krystyna z Holstein-Gottorp zaręczona była wcześniej z Zygmuntem. Do małżeństwa tego nie doszło i jako dziewiętnastolatka poślubiła ona w 1592 jego wuja.