Eksploatowane są w okolicach Radkowa, Wambierzyc i Złotna – obecnie eksploatacja wstrzymana, mają zastosowanie w budownictwie i kamieniarstwie Jasne piaskowce – białej lub jasnożółtej barwy, o stałym składzie granulometrycznym i mineralnym (do 95% ziarna kwarcowego), eksploatowane w okolicach Radkowa i Szczytnej – obecnie eksploatacja wstrzymana. W 2 połowie XIX w. w okolicach Pstrążnej eksploatowano niewielkie złoża węgla kamiennego. Margle – cienkie wkładki margli w różnych poziomach piaskowców były w przeszłości obiektem lokalnej eksploatacji. Różowe, czerwone i ciemnoszare granity kudowskie występują w południowo-zachodniej części Gór Stołowych. Były eksploatowane w niewielkich kamieniołomach.
Wody Góry Stołowe leżą na europejskim dziale wodnym, rozdzielającym wody mórz Bałtyckiego i Północnego.
Wody powierzchniowe Góry Stołowe odwadniane są przez cztery rzeki. Część zachodnią (w większości leżącą w Czechach) odwadnia lewobrzeżny dopływ Łaby, rzeka Metuje (dopływy: Czermnica (rzeka), Kudowski Potok, Brlenka, Klikawa, Dańczówka).