Wiele gatunków jest bardzo rzadkich: jarząbek, słonka, bocian czarny, trzmielojad, kobuz czy sóweczka i włochatka (charakterystyczne dla tajgi).
Przez Góry Stołowe przebiega zachodnia granica występowania ślimaka karpackiego, do ciekawszych gatunków ślimaków występujących tu zalicza się również jeden z najmniejszych polskich ślimaków, świdrzyk stępiony. W pobliżu potoków można natknąć się na salamandrę plamistą, na skałach wygrzewa się czasem żmija zygzakowata. W okolicy granicy polsko-czeskiej występuje sprowadzony tu z Korsyki muflon. Bardzo bogata jest fauna pajęczaków, wiele z nich występuje jedynie tutaj.
Ochrona przyrody thumb|Emblemat PNGS