Kradzież książek (2023) W październiku 2023 roku stwierdzono kradzież z czytelni BUW ok. 80 egzemplarzy XIX-wiecznych książek w języku rosyjskim. Złodzieje wycięli z okładek i zabrali zawartość książek zastępując ją atrapami. W konsekwencji stwierdzonych nieprawidłowości w udostępnianiu zbiorów oraz zignorowaniu wiadomości od Komendy Głównej Policji z grudnia 2022 roku o prowadzonym na wniosek policji łotewskiej postępowaniu dotyczącym kradzieży w Bibliotece Narodowej Łotwy (jedna z osób związanych z tamtą kradzieżą miała kartę czytelnika BUW i dwukrotnie była w warszawskiej bibliotece w listopadzie 2022 roku), zarządzeniem rektora stanowiska straciły dyrektor biblioteki Anna Wołodko i wicedyrektor ds. zbiorów specjalnych Katarzyna Ślaska.
Zbiory W czasie II wojny światowej BUW utraciła 14% swoich zbiorów (130 tys. ze 927,8 tys. jednostek).