Współpraca Instytut bierze udział w licznych projektach badawczych finansowanych ze środków europejskich (m.in. CESAR, ATLAS, NEKST) i krajowych (m.in. SYNAT, CORE, CLARIN-PL).
Kształcenie kadry naukowej Instytut w 2010-2015 IPI PAN brał udział w międzynarodowym programie doktoranckim International PhD Projects in Intelligent Computing.
W latach 2011–2015 IPI PAN w partnerstwie z Instytutem Badań Systemowych PAN i Instytutem Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej PAN im. Macieja Nałęcza rozpoczął kształcenie w ramach Interdyscyplinarnych Studiów Doktoranckich Technologie informacyjne: badania i ich interdyscyplinarne zastosowania.
W 2019 roku z inicjatywy 7 placówek Naukowych powstała Szkoła Doktorska Instytutów PAN Technologii Informacyjnych i Biomedycznych (TIB PAN). Jednostki prowadzące: Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN (koordynator Szkoły), Instytut Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej im. M. Nałęcza PAN, Instytut Informatyki Teoretycznej i Stosowanej PAN, Instytut Badań Systemowych PAN, Instytut Podstaw Informatyki PAN, Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. M. Mossakowskiego PAN oraz jednostka współpracująca Naukowa i Akademicka Sieć Komputerowa – Państwowy Instytut Badawczy.