Uczelnia powstała na bazie utworzonego w 1995 roku Punktu Zajęć Seminaryjnych w Nisku Wyższej Szkoły Ekonomicznej w Warszawie. Dzięki temu udało się ściągnąć kadrę naukową, opracować programy, zgromadzić zasoby biblioteczne i przygotować bazę dydaktyczną.
12 lipca 1997 odbyło się pierwsze posiedzenie Senatu WSE, podczas którego założyciel Janusz Merski powołał prof. dr. hab. Zdzisława Bomberę na pierwszego rektora. Powołani zostali również kierownicy Katedr i przyjęto regulamin studiów. 4 października 1997 odbyła się pierwsza inauguracja roku akademickiego oraz immatrykulacja pierwszych studentów. Immatrykulowanych zostało wówczas 730 studentów. Studia w niżańskiej uczelni podjęli także dotychczasowi studenci Punktu Zajęć Seminaryjnych w Nisku. Uczelnia otrzymała również sztandar ufundowany przez założyciela.
22 czerwca 1998 odbyło się zebranie założycielskie koła Akademickiego Związku Sportowego w Wyższej Szkole Ekonomicznej w Nisku. 28 czerwca 1998 pierwszych 219 absolwentów uzyskało dyplom ukończenia studiów licencjackich. 15 lipca 1998 dr Janusz Bek powołany został na prorektora WSE. Od października 1998 roku wydawane jest pismo uczelniane Gaudeamus, w którym znajdują się informacje o pracach naukowych, wypowiedzi władz uczelni, opisy jej osiągnięć.