W 1945 został przekonany do powrotu do Palmach i wszedł w skład kompanii morskiej Palyam. Była to jednostka sił specjalnych przeznaczona do prowadzenia tajnych operacji morskich. Działalność jednostki koncentrowała się na przemycaniu nielegalnych żydowskich imigrantów z Europy do Mandatu Palestyny. Pod koniec 1945 Ben-Nun rozpoczął tworzenie grupy sabotażowej Palyam, która podjęła działania przeciwko brytyjskim władzom mandatowym zwalczającym żydowską imigrację napływającą do Palestyny. W listopadzie 1946 Ben-Nun przeprowadził operację przeciwko brytyjskim okrętom zacumowanym w porcie Hajfa. Jego zespołowi udało się zatopić HMS Imperium Rival, który był jednym ze statków deportacyjnych wywożącym zatrzymanych żydowskich imigrantów do obozów dla internowanych na wyspę Cypr. Gdy 29 listopada 1947 ogłoszona została Rezolucja Zgromadzenia Ogólnego ONZ nr 181 w sprawie podziału Palestyny, jednostka sabotażowa Ben-Nuna zakończyła swoje działania przeciwko Brytyjczykom i została rozwiązana.