thumb|240px|Tęczowa flaga – symbol społeczności LGBT thumb|240px|Tęczowa flaga w kształcie Estonii
Lesbijki, geje, osoby biseksualne i transpłciowe (LGBT) mogą się spotkać w Estonii z trudnościami, których nie spotykają osoby nie-LGBT. Kontakty homoseksualne – zarówno kobiet, jak i mężczyzn – są w tym kraju legalne. Od 1 stycznia 2016 związki osób tej samej płci zostały uznane pod nazwą Umowa o wspólnym pożyciu; otrzymały tym samym większość praw przysługujących parom dwupłciowym (wszystkie z wyjątkiem małżeństwa, dostępu do matek zastępczych, a także adopcji niespokrewnionego z nimi dziecka w przypadku, gdy choć jedna osoba w związku jest płodna). Od 1 stycznia 2024 roku pary jednopłciowe mogą w Estonii zawrzeć małżeństwo.
Prawo wobec kontaktów homoseksualnych Kontakty seksualne pomiędzy osobami tej samej płci, które były nielegalne w ZSRR, zostały zalegalizowane w Estonii w 1992. Wiek osób dopuszczających się kontaktów homo- i heteroseksualnych został zrównany w 2001 i wynosi 14 lat.
Krwiodawstwo Mężczyźni mający kontakty seksualne z mężczyznami od 2022 mogą być w Estonii dawcami krwi.